一、根茎区别
石菖蒲的根茎粗度为2-5mm左右，并有着淡淡的芳香，它的颜色为淡褐色，根茎是肉质的，上面还有很多的须根，节间的长度通常为3-5mm。
水菖蒲的根茎是横走的，粗度是5-10mm左右，同样有芳香，但它是黄褐色的。它的肉质根是5-6cm左右，须根都是毛发状的。
二、叶子区别
石菖蒲的叶子是很薄的，是线性的，长度差不多是在20-30cm左右，有时可达到50cm。它的叶色为暗绿色，无中肋。
水菖蒲的叶子是剑状的线形，长度会更长一些，有90-150cm左右。它的叶子为绿色，十分光亮，有着十分明显的中肋。
水菖蒲净水效果好。
水菖蒲全草多含芳香油树脂和挥发性油，可以提神通窍，吸附空气中微尘。古人夜读，常在油灯下放置一盆菖蒲，既可免灯烟熏眼之苦，又能清雅养眼。有人取菖蒲叶尖上的露水来洗眼睛，也有很好的明目功效。用水菖蒲、艾叶、雄黄合剂烟熏，还可消毒空气、净化环境。
水菖蒲的净水能力好像更强一点
水菖蒲喜光，经常能看到将水菖蒲种植在水中，也有的种植在高出水面的旱土里面的方式，但长势均不如种植在水中的。其实不管采取何种栽培形式，栽培时要选择阳光照射充足的地方，每天日照时间至少在半天以上。水菖蒲才能健康的生长。
水菖蒲净水效果好，它根系发达，不容易烂根。
水菖蒲和石菖蒲比较，水菖蒲净水效果好，原因是水菖蒲根系粗大发达，表面积大，吸附力强，多生长在泥沼或污泥塘中，而石菖蒲根系较小，多生长于山沟清水石上，植株较小。